Muitas vezes o eclipse passa batido nas RuntimeExceptions.
Isto ocorre porque o tratamento delas é feito no WorkbenchAdvisor, no método eventLoopException(Throwable). Para que isso não aconteça é necessário dar um override nesta função, geralmente no ApplicationWorkbenchAdvisor, algo como:
public void eventLoopException(Throwable exception){
System.out.println("Override do eventLoopException");
exception.printStackTrace();
super.eventLoopException(exception);
}
[]'s